จนกระทั่งปี พ.ศ. ๒๔๘๔  ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ ๒  ฝ่ายสัมพันธมิตรส่งเครื่องบินมาทิ้งระเบิดโจมตีกองทัพเรือ
 และสถานีรถไฟบางกอกน้อยเพื่อทำลายจุดยุทธศาสตร์  ระเบิดได้ตกลงที่พระบรมมหาราชวังข้างพระอุโบสถพระพุทธรัตนสถาน ๑ ลูก  ด้วยแรงสั่นสะเทือนและน้ำหนักของลูกระเบิดทำให้ชายคาและผนังด้านทิศเหนือชำรุด  โครงสร้างและส่วนประกอบภายในชำรุดเสียหาย จนกระทั่ง พ.ศ. ๒๔๙๒  สำนักพระราชวังจึงได้ซ่อมแซมส่วนที่เสียหายจากแรงระเบิดก่อน  และบูรณะซ่อมแซมให้อยู่ในสภาพสมบูรณ์เช่นเดิมในปี พ.ศ. ๒๔๙๖
         ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๓๖  พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว  มีพระราชประสงค์ให้กรมศิลปากรเขียนภาพจิตรกรรมฝาผนังในพระอุโบสถพระพุทธรัตนสถานขึ้นใหม่  แทนภาพจิตรกรรมฝาผนังที่เขียนขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๔  ซึ่งเป็นเรื่องราวพระราชประวัติ  พระราชกรณียกิจใน พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล พระอัฐมรามาธิบดินทร  และพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ในรัชกาลปัจจุบัน  ช่วงระหว่าง พ.ศ. ๒๔๘๘ - ๒๔๙๙  ด้วยทรงเห็นว่าไม่สอดคล้องกับภาพจิตรกรรมฝาผนังตอนบนซึ่งเขียนในสมัยรัชกาลที่ ๔

         อันเป็นเรื่องราวเกี่ยวกับพระพุทธบุษยรัตนจักรพรรดิพิมลมณีมัย  พระประธานในพระอุโบสถ  พระพุทธรัตนสถาน  เมื่อ ครั้งเสด็จพระราชดำเนินไปในงานสมโภชวัดเฉลิมพระเกียรติวรวิหาร จังหวัดนนทบุรี เนื่องในโอกาสเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ  ทรงเจริญพระชนมพรรษา ๕ รอบ พ.ศ. ๒๕๓๕  ทรงทราบว่ากรมศิลปากรสามารถดำเนินการลอกภาพจิตรกรรมฝาผนังและอนุรักษ์ของเดิมไว้ได้  กรมศิลปากรจึงรับพระราชกระแสมาดำเนินการ
        ปัจจุบันแนวการเขียนแบบโบราณนับวันจะหมดไป  เพราะศิลปินยุคใหม่ได้รับอิทธิพลศิลปะสากลจากตะวันตกมาอย่างกว้างขวาง  ทั้งรูปแบบ  แนวคิด  และการใช้สี อีกทั้งโอกาสที่จะสร้างศิลปกรรมแบบโบราณไม่มีแล้ว  จึงดูเสมือนว่าศิลปินสมัยใหม่ได้ละทิ้งรูปแบบดั้งเดิมของช่างโบราณไปโดยไม่ตั้งใจ ฉะนั้น ภาพจิตรกรรมฝาผนังทั้ง 8 ช่อง ที่โปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้นในโอกาสนี้  กล่าวได้ว่าเป็นการรักษาแบบแผนอันเป็นเอกลักษณ์ของศิลปกรรมประจำชาติไว้  ให้มีความเชื่อมต่อระหว่างยุคเก่าและยุคใหม่ สามารถยึดถือได้ว่า  นี่คืองานศิลปกรรมสมัยรัชกาลที่ ๙  ได้อย่างภาคภูมิ