ในสมัยนั้น มีคนจีนกลุ่มหนึ่งรวมตัวกันต่อต้านชาวแมนจู โดยใช้หลักทางธรรมเข้ามาร่วมด้วย ชาวจีนกลุ่มนี้ นุ่งขาว ห่มขาวและไม่รับประทานเนื้อสัตว์ ซึ่งมีความเชื่อว่า การประพฤติปฏิบัติตามแนวทางนี้จะช่วยสร้างความเข้มแข็ง ให้กับกลุ่มของตนจนสามารถต้านทานชาวแมนจูได้ คนกลุ่มนี้เรียกตัวเองว่า "หงี่หั่วท้วง" ซึ่งแม้จะได้ต่อสู้อย่างอาจหาญ แต่ท้ายที่สุดก็ไม่สามารถต้านทานการรุกรานของชาวแมนจูได้
เมื่อถึงวันขึ้น 1 ค่ำ เดือน 9 ชาวจีนที่ยังคงอยู่ภายใต้การปกครองของชาวแมนจู จึงพากันถือศีลกินเจ เพื่อรำลึกถึงเหล่านักสู้ "หงี่หั่วท้วง" ที่ได้ต่อสู้พลีชีพในครั้งนั้น
ความเชื่อถืออีกกระแสหนึ่งของตำนานการกินเจนั้น เชื่อกันว่าเป็นการสักการะพระพุทธเจ้าในอดีต 7 พระองค์ และพระมหาโพธิสัตว์อีก 2 พระองค์ รวมเป็น 9 พระองค์ หรืออีกนัยหนึ่งเรียกว่า ดาวนพเคราะห์ทั้ง 9 ในพิธีกรรมนี้ สาธุชนจึงงดเว้นจากการฆ่าสัตว์ ตัดชีวิต หันมาบำเพ็ญศีล โดยการตั้งปณิธานในการกินเจ งดเว้นอาหารคาว เพื่อเป็นการสมาทานศีล 2 ประการ คือ
1. เว้นจากการเอาชีวิตของสัตว์มาบำรุงชีวิตของตน
2. เว้นจากการเอาชีวิตของสัตว์มาเพิ่มเลือดของตน
3. เว้นจากการเอาชีวิตของสัตว์มาเพิ่มเนื้อของตน
สำหรับเมืองไทยความเชื่อเรื่องการกินเจ เป็นไปในแนวทางของการละเว้นการเอาชีวิตของสัตว์ เพื่อเป็นสักการะบูชาแก่ พระพุทธเจ้า และมหาโพธิสัตว์กวนอิม อาจเนื่องจากการแพร่หลายของกการละเว้นการกินเนื้อวัว ในกลุ่มคนที่นับถือ "เจ้าแม่กวนอิม" การกินเจ จึงเป็นอีกหนึ่งพิธีกรรมเพื่อสักการะ
"เจ" ในภาษาจีนมีความหมายว่า "อุโบสถ" เป็นคำแปลทางพุทธสาสนา นิกายมหายาน
การกินเจนั้นแต่เดิมหมายความถึง "การรับประทานอาหารก่อนเที่ยงวัน" ตามแบบอย่างของพระพุทธศาสนา เราจะเห็นตัวอย่างชาวพุทธรักษาอุโบสถศีล หรือรักษาศีล 8 ด้วยการไม่รับประทานอาหารหลังจากเที่ยงไปแล้วเช่นเดียวกับพระภิกษุ แต่สำหรับพุทธนิกายมหายานนั้น การรักษาอุโบสถศีลจะรวมถึงการไม่รับประทานเนื้อสัตว์ด้วย จึงนิยมเรียกการไม่กินเนื้อสัตว์ไปรวมกับการกินเจ จนถึงปัจจุบัน ผู้ที่รับประทานอาหารครบ 3 มื้อ แต่ไม่กินเนื้อสัตว์ยังคงเรียกว่า "กินเจ"
ความหมายของการกินเจ จึงหมายถึงการรักษาศีล ปฏิบัติธรรมทั้งกาย วาจา และใจ ไม่ใช่หมายความเพียงการไม่รับประทานเนื้อสัตว์เท่านั้น การปฏิบัติธรรมร่วมไปด้วยจึงจะครบเป็น "การถือศีล-กินเจ" อย่างแท้จริง
ความหมายของ "ธงเจ"
อักษรแดง บนพื้นเหลือง เขียนว่า "ไจ" หรือ "เจ" มีความหมายว่า "ของไม่มีคาว" สีแดงเป็นตัวแทนของความเป็นสิริมงคลในชีวิต ส่วนสีเหลืองเป็นสีของพุทธศาสนา หรือผู้ทรงศีล ธงเจนอกจากจะเป็นสัญลักษณ์ของอาหารเจแล้ว ยังเป็นการเตือนให้พุทธศาสนิกชนที่ปฏิบัติตน "ถือศีล-กินเจ" ได้ตระหนักถึงการไม่เบียดเบียนชีวิตสัตว์และการตั้งอยู่ในศีลตลอดช่วงระยะเวลา 9 วัน 9 คืน