ต่อมาสมเด็จพระราชมุนี  เชื่อกันว่าคือสมเด็จพะโคะหรือหลวงพ่อทวด
  ได้ก่อพระศรีรัตนตรัยมหาธาตุบนเขาพะโคะ   สูงหนึ่งเส้นห้าวา  พระเจดีย์ที่สร้างใหม่ขึ้น
 สูงกว่าที่พระธรรมรังคัลให้สร้าง  5  วา  ซึ่งตรงกับรัชสมัยสมเด็จพระเอกาทศรถ
  และถวายพระราชกุศลแต่โบราณราชประเพณี  วัดพะโคะก็ได้เปลี่ยนเป็นวัดราชประดิษฐาน

วัดพะโคะจึงเป็นวัดที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์  โบราณคดี  ศาสนา
และเกี่ยวข้องกับหลวงพ่อทวดเหยียบน้ำทะเลจืด  โดยมีหลักฐานที่สำคัญ
ปรากฏให้เห็นอยู่จนทุกวันนี้นอกจากพระสุวรรณมาชลิกเจดีย์ศรีรัตนมหาธาตุ
พระพุทธไสยาสน์พระโคตรมะ (พะโคะ)  แล้วยังมีรอยพระบาทสมเด็จเจ้าพะโคะ
รูปดวงแก้วคู่บารมีสมเด็จเจ้าพะโคะ  ซึ่งตำนานกล่าวว่า  ได้มาจากงูใหญ่
เมื่อครั้งสมเด็จเจ้าพระโคะคลอดได้ 2-3  วัน  รูปจำลองสมเด็จเจ้าพะโคะ
  อนุสาวรีย์สมาเด็จเจ้าพระโคะ  จิตรกรรมฝาผนังซึ่งเป็นภาพเขียนรุ่นใหม่ที่ฝาผนังวิหาร